• facebook
  • linkedin
  • YouTube

Shfaqja e SARS-CoV-2 B.1.1.7 Linja e gjakut-

Shtetet e Bashkuara, 29 dhjetor 2020-12 janar 2021

Summer E. Galloway, PhD 1;Prabasaj Paul, PhD 1 ;Duncan R. MacCannell, PhD 2;Michael A. Johansson, PhD 1;

John T. Brooks, MD 1;Adam MacNeil, PhD 1;Rachel B. Slayton, PhD 1;Suxiang Tong, PhD 1;Benjamin J. Silk, PhD 1;Gregory L. Armstrong, MD 2;

Matthew Biggerstaff, ScD 1;Vivien G. Dugan, PhD

Më 15 janar 2021, ky raport u postua si një MMWRPublikimi i hershëm në faqen e internetit të MMWR (https://www.cdc.gov/mmwr).

Më 14 dhjetor 2020, Mbretëria e Bashkuar raportoinjë variant shqetësimi SARS-CoV-2 (VOC), prejardhja B.1.1.7,referuar gjithashtu si VOC 202012/01 ose 20I/501Y.V1.*Varianti B.1.1.7 vlerësohet të jetë shfaqur në shtator2020 dhe është bërë shpejt qarkulluesi dominuesVarianti SARS-CoV-2 në Angli (1).B.1.1.7 ka qenëzbuluar në mbi 30 vende, duke përfshirë Shtetet e Bashkuara.Sie datës 13 janar 2021, rreth 76 raste të B.1.1.7 kanëështë zbuluar në 12 shtete amerikane.Rrjedha të shumta provashtregojnë se B.1.1.7 transmetohet në mënyrë më efikase se sa janëvariante të tjera SARS-CoV-2 (1-3).Trajektorja e modeluar eky variant në SHBA shfaq rritje të shpejtë në fillim të vitit 2021,duke u bërë varianti mbizotërues në mars.E rriturTransmetimi i SARS-CoV-2 mund të kërcënojë kujdesin e tendosur shëndetësorburimet, kërkojnë zbatim të zgjeruar dhe më rigoroztë strategjive të shëndetit publik (4), dhe rritja e përqindjes sëimuniteti i popullatës i nevojshëm për kontrollin e pandemisë.Marrjamasat për të reduktuar transmetimin tani mund të pakësojnë potencialinndikimin e B.1.1.7 dhe lejojnë kohën kritike për të rritur vaksinënmbulim tion.Kolektivisht, mbikëqyrja e zgjeruar gjenomikekombinuar me pajtueshmërinë e vazhdueshme me publikun efektivmasat shëndetësore, duke përfshirë vaksinimin, distancimin fizik,përdorimi i maskave, higjiena e duarve dhe izolimi dhe karantina, dotë jetë thelbësor për kufizimin e përhapjes së SARS-CoV-2, virusitqë shkakton sëmundjen e koronavirusit 2019 (COVID-19).Strategjiketestimi i personave pa simptoma, por me rrezik më të lartëinfeksione, të tilla si ato të ekspozuara ndaj SARS-CoV-2 ose që kanëKontakti i shpeshtë i pashmangshëm me publikun, ofron një tjetërmundësi për të kufizuar përhapjen e vazhdueshme.

Mbikëqyrja gjenomike globale dhe ndarja e shpejtë me burim të hapurkrijimi i sekuencave të gjenomit viral është lehtësuar pothuajse në kohë realezbulimi, krahasimi dhe gjurmimi i SARS-CoV-2 në zhvillimvariante që mund të informojnë përpjekjet e shëndetit publik për të kontrolluarpandemi.Ndërsa disa mutacione në gjenomën viraledalin dhe më pas tërhiqen, të tjerët mund të japin një avantazh selektivpërputhet me variantin, duke përfshirë transmetueshmërinë e përmirësuar, në mënyrë qënjë variant i tillë mund të dominojë me shpejtësi variantet e tjera qarkulluese.

Në fillim të pandemisë, variantet e SARS-CoV-2 përmbajnëmutacioni D614G në proteinën spike (S) që rritetAviditeti i lidhjes së receptorëve u bë me shpejtësi dominuese në shumërajonet gjeografike (5,6).Në fund të vjeshtës 2020, shumë vende raportuan zbuliminVariantet e SARS-CoV-2 që përhapen në mënyrë më efikase.Përveç kësajpër variantin B.1.1.7, variantet e dukshme përfshijnë B.1.351prejardhja e parë e zbuluar në Afrikën e Jugut dhe e identifikuar së fundmiNënklada B.1.1.28 (i riemërtuar"P.1) u zbulua në katër udhëtarënga Brazili gjatë shfaqjes rutinë në Haneda (Tokio)aeroporti.§ Këto variante mbartin një plejadë muta gjenetiketonet, duke përfshirë në domenin e lidhjes së receptorit të proteinës S,e cila është thelbësore për lidhjen me angiotenzinën me qelizën pritësekonvertimin e receptorit të enzimës-2 (ACE-2) për të lehtësuar virusinhyrje.Provat sugjerojnë se mutacione të tjera gjenden në këtovariantet mund të sjellin jo vetëm rritjen e transmetueshmërisë, pormund të ndikojë gjithashtu në performancën e disa diagnostikimeve në kohë realetranskriptimi i kundërt-reaksioni zinxhir i polimerazës (RT-PCR)analizatdhe zvogëlojnë ndjeshmërinë ndaj antitrupave neutralizues(2,3,5-10).Një raport i fundit i rastit dokumentoi rastin e parë tëRiinfeksion SARS-CoV-2 në Brazil me një variant SARS-CoV-2që përmbante mutacionin E484K,** i cili është treguarpër të reduktuar neutralizimin nga serumet konvaleshente dhe monoklonaleantitrupa (9,10).

Ky raport fokusohet në shfaqjen e variantit B.1.1.7në Shtetet e Bashkuara.Që nga 12 janari 2021, asB.1.351 as variantet P.1 nuk janë zbuluar nëShtetet e Bashkuara.Për informacion në lidhje me SARS-CoV-2 në zhvillimvariantet shqetësuese, CDC mban një faqe në internet të dedikuarduke ofruar informacion mbi variantet e reja SARS-CoV-2.††

 Prejardhja B.1.1.7 (20I/501Y.V1)

Varianti B.1.1.7 mbart një mutacion në proteinën S(N501Y) që ndikon në konformimin e lidhjes me receptorëtdomain.Ky variant ka 13 mutacione të tjera përcaktuese të linjës B.1.1.7 (Tabela), disa prej të cilave janë në proteinën S,duke përfshirë një fshirje në pozicionet 69 dhe 70 (del69-70) atëevoluar spontanisht në variante të tjera SARS-CoV-2 dhe ështëhipotezuar për të rritur transmetueshmërinë (2,7).Fshirjanë pozicionet 69 dhe 70 shkakton dështimin e objektivit të gjenit S (SGTF)në të paktën një RT-PCR-analizë diagnostike e bazuar (dmth. meAnaliza ThermoFisher Taq Path COVID-19, varianti B.1.1.7milingona dhe variante të tjera me del69-70 prodhojnë një negativrezultat për objektivin e gjenit S dhe një rezultat pozitiv për dy të tjerëtobjektivat);SGTF ka shërbyer si përfaqësues në Mbretërinë e Bashkuarpër identifikimin e rasteve B.1.1.7 (1).Dëshmi të shumta tregojnë se B.1.1.7 është më shumëtransmetohet në mënyrë efikase në krahasim me SARS-CoV-2 të tjeravariantet që qarkullojnë në Mbretërinë e Bashkuar.Rajonet e MB menjë përqindje më e lartë e sekuencave B.1.1.7 kishin epidemi më të shpejtërritje se sa zona të tjera, diagnozat me SGTF u rritënmë shpejt se diagnozat jo-SGTF në të njëjtat zona, dhe apërqindje më e lartë e kontakteve ishin të infektuar nga pacientët e indeksitme infeksionet B.1.1.7 sesa nga pacientët e indeksuar të infektuar mevariante të tjera (1,3).Varianti B.1.1.7 ka potencialin për të rritur panin e SHBAtrajektorja demike në muajt e ardhshëm.Për të ilustruar këtë efekt,u zhvillua një model i thjeshtë, me dy variante.Prevalenca aktuale e B.1.1.7 në SHBA midis të gjithë atyre që qarkullojnëviruset janë të panjohura, por mendohet se janë <0.5% bazuar nënumër i kufizuar i rasteve të zbuluara dhe të dhëna SGTF (8).Përmodeli, supozimet fillestare përfshinin një prevalencë B.1.1.7prej 0.5% në mesin e të gjitha infeksioneve, imuniteti SARS-CoV-2 ngainfeksioni i mëparshëm prej 10%-30%, një riprodhues që ndryshon nga kohanumri (R t) prej 1.1 (transmetimi i zbutur por në rritje)ose 0.9 (transmetim në rënie) për variantet aktuale, dhe raportohet incidenca prej 60 rastesh për 100,000 persona në ditë në1 janar 2021. Këto supozime nuk përfaqësojnë saktësishtçdo vendndodhje të vetme në SHBA, por përkundrazi, tregojnë një përgjithësim tëkushte të zakonshme në të gjithë vendin.Ndryshimi në R t mbikoha që rezulton nga imuniteti i fituar dhe rritja e prevalenda e B.1.1.7, u modelua, me B.1.1.7 R t të supozuartë jetë një konstante 1.5 herë R t e varianteve aktuale, bazuar nëvlerësimet fillestare nga Mbretëria e Bashkuar (1,3).Më pas, u modelua ndikimi i mundshëm i vaksinimitduke supozuar se janë administruar 1 milion doza vaksinash përdita që fillon më 1 janar 2021, dhe ai imunitet 95%.u arrit 14 ditë pas marrjes së 2 dozave.Konkretisht,imuniteti ndaj infeksionit ose me variantet aktuale ose meVarianti B.1.1.7 u supozua, megjithëse efektiviteti dhekohëzgjatja e mbrojtjes kundër infeksionit mbetet e pasigurt,sepse këto nuk ishin pika kryesore përfundimtare e sprovave klinikepër vaksinat fillestare.Në këtë model, prevalenca B.1.1.7 është fillimisht e ulët, por për shkakështë më e transmetueshme se sa janë variantet aktuale, ajo shfaqrritje e shpejtë në fillim të vitit 2021, duke u bërë varianti mbizotëruesmilingona në mars (Figura 1).Nëse transmetimi i rrymësvariantet po rriten (Rt fillestar = 1.1) ose po zvogëlohen ngadalë(R t fillestar = 0.9) në janar, B.1.1.7 sjell një ndryshim thelbësornë trajektoren e transmetimit dhe një fazë e re eksponencialerritje.Me vaksinimin që mbron nga infeksioni,trajektoret e hershme të epidemisë nuk ndryshojnë dhe B.1.1.7 përhapetende ndodh (Figura 2).Megjithatë, pasi B.1.1.7 bëhetvarianti dominues, transmetimi i tij u reduktua ndjeshëm.Efekti i vaksinimit në reduktimin e transmetimit në afërsitermi ishte më i madhi në skenarin në të cilin ishte transmetimitashmë në rënie (R t fillestar = 0.9) (Figura 2).Përpjekjet e hershme qëmund të kufizojë përhapjen e variantit B.1.1.7, të tilla si universale dherritjen e pajtueshmërisë me strategjitë e zbutjes së shëndetit publik,do të lejojë më shumë kohë për vaksinimin e vazhdueshëm për të arritur më shumëimuniteti në nivel popullsie.

Diskutim

Aktualisht, nuk ka ndonjë ndryshim të njohur në rezultatet klinikelidhur me variantet e përshkruara SARS-CoV-2;megjithatë,një shkallë më e lartë e transmetimit do të çojë në më shumë raste, duke u rriturnumri i përgjithshëm i personave që kanë nevojë për kujdes klinik, ekzagjeruesduke ulur barrën mbi një sistem tashmë të sforcuar të kujdesit shëndetësor,dhe duke rezultuar në më shumë vdekje.Mbikëqyrja e vazhdueshme gjenomikepër të identifikuar rastet B.1.1.7, si dhe shfaqjen e të tjeravevariantet e shqetësimit në Shtetet e Bashkuara, është e rëndësishme përReagimi i shëndetit publik ndaj COVID-19.Ndërsa rezultatet SGTFmund të ndihmojë në identifikimin e rasteve të mundshme B.1.1.7 që mund të konfirmohenduke renditur, duke identifikuar variantet prioritare që nuk shfaqenSGTF mbështetet ekskluzivisht në mbikëqyrjen e bazuar në sekuencë.

 

 

 

Emërtimi variant

Identifikimi i parë  

Mutacionet karakteristike

(proteina: mutacion)

Numri i rasteve aktuale të konfirmuara nga sekuenca Nr. i

vendet me

sekuencat

Vendndodhja Data Shtetet e Bashkuara Botëror  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) Mbretëria e Bashkuar shtator 2020 ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del3675-3677 SGF

S: del69-70 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15,369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) Afrika e Jugut tetor 2020 ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S:K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Brazili dhe Japonia janar 2021 ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del3675-3677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Shkurtesat: del = fshirje;E = proteina mbështjellëse;N = proteina nukleokapsidike;ORF = kornizë e hapur leximi;S = proteina e majës.

Përvoja në Mbretërinë e Bashkuar dhe modelet B.1.1.7të paraqitura në këtë raport ilustrojnë ndikimin më ngjitësvarianti mund të ketë në numrin e rasteve në një popullatë.Tërritja e transmetueshmërisë së këtij varianti kërkon edhe më shumëzbatimi rigoroz i kombinuar i vaksinimit dhe zbutjesmasat e veprimit (p.sh. distancimi, maskimi dhe higjiena e duarve)për të kontrolluar përhapjen e SARS-CoV-2.Këto masa do të jenëmë efektive nëse ato vendosen më shpejt sesa më vonëpër të ngadalësuar përhapjen fillestare të variantit B.1.1.7.Përpjekjet për tëpërgatit sistemin e kujdesit shëndetësor për rritje të mëtejshme të rastevee garantuar.Rritja e transmetueshmërisë do të thotë gjithashtu se më e lartëduhet të arrihet mbulimi i parashikuar me vaksinimtë arrihet niveli i njëjtë i kontrollit të sëmundjeve për të mbrojtur publikunkrahasuar me variantet më pak të transmetueshme.Në bashkëpunim me akademikë, industri, shtetërore, territoriale,partnerët fisnorë dhe lokalë, CDC dhe agjenci të tjera federalepo koordinojnë dhe përmirësojnë mbikëqyrjen gjenomike dhePërpjekjet për karakterizimin e virusit në të gjithë Shtetet e Bashkuara.CDCkoordinon përpjekjet e renditjes së SHBA-së përmes SARS-CoV-2Sekuenca për reagimin e urgjencës së shëndetit publik,Epidemiologjia dhe Mbikëqyrja (SFERES)§§konsorcium,i cili përfshin rreth 170 institucione pjesëmarrëse dhe promovon ndarjen e hapur të të dhënave për të lehtësuar përdorimin e SARS-CoV-2të dhënat e sekuencës.Për të gjurmuar evolucionin viral SARS-CoV-2, CDC ështëzbatimi i mbikëqyrjes gjenomike të shumëanshme për të kuptuarproceset epidemiologjike, imunologjike dhe evolucionareqë formësojnë filogjenitë virale (filodinamika);shpërthim udhëzueshetimet;dhe lehtësojnë zbulimin dhe karakteriziminriinfeksionet e mundshme, rastet e zbulimit të vaksinave dhevariantet virale në zhvillim.Në nëntor 2020, CDC u krijuaprogrami Kombëtar i Mbikëqyrjes së Tensionit SARS-CoV-2 (NS3).për të përmirësuar përfaqësimin e SARS-CoV-2 vendassekuencat.Programi bashkëpunon me 64 publik në SHBAlaboratorët shëndetësorë për të mbështetur një sistem të mbikëqyrjes gjenomike;NS3 po ndërton gjithashtu një koleksion ekzemplarësh SARS-CoV-2 asekuencat për të mbështetur reagimin e shëndetit publik dhe shkencorhulumtim për të vlerësuar ndikimin e mutacioneve në lidhje mekundërmasat ekzistuese të rekomanduara mjekësore.CDC kakontraktuar gjithashtu me disa laboratorë të mëdhenj klinikë komercialëpër të renditur me shpejtësi dhjetëra mijëra SARS-CoV-2-mostra pozitive çdo muaj dhe ka financuar shtatë akademikëinstitucionet për të kryer mbikëqyrjen gjenomike në partneritetme agjencitë e shëndetit publik, duke shtuar ndjeshëm nëdisponueshmëria e të dhënave në kohë të mbikëqyrjes gjenomike nga e gjithëShtetet e Bashkuara.Krahas këtyre nismave kombëtare,shumë agjenci shtetërore dhe lokale të shëndetit publik janë duke u renditur

FIGURA 1. Trajektoret e rasteve të simuluara* të varianteve aktuale SARS-CoV-2 dhe variantit B.1.1.7,duke supozuar se nuk ka vaksinim komunitardhe ose Rt fillestar = 1.1 (A) ose Rt fillestar = 0.9 (B) për variantet aktuale-Shtetet e Bashkuara, janar-Prill 2021

 

figura 1
figura 2
shkurtesat
figura 1

SARS-CoV-2 për të kuptuar më mirë epidemiologjinë lokale dhembështesin reagimin e shëndetit publik ndaj pandemisë.Gjetjet në këtë raport janë subjekt i të paktën tre kufijvetatimet.Së pari, madhësia e rritjes së transmetimitnë Shtetet e Bashkuara krahasuar me atë të vërejtur nëMbretëria e Bashkuar mbetet e paqartë.Së dyti, prevalenca eB.1.1.7 në Shtetet e Bashkuara është gjithashtu i panjohur për momentin, porzbulimi i varianteve dhe vlerësimi i prevalencës do të përmirësohetme përpjekjet e zgjeruara të mbikëqyrjes së SHBA.Më në fund, mitiga lokaleMasat e veprimit janë gjithashtu shumë të ndryshueshme, duke çuar në ndryshime nëR t .Rezultatet specifike të paraqitura këtu bazohen në simuladhe nuk supozoi asnjë ndryshim në masat zbutëse përtej 1 janarit.Rritja e transmetimit të luftës së variantit B.1.1.7kërkon zbatimin rigoroz të strategjive të shëndetit publik përtë zvogëlojë transmetimin dhe të pakësojë ndikimin e mundshëm të B.1.1.7,blerja e kohës kritike për të rritur mbulimin e vaksinimit.CDC'Stë dhënat e modelimit tregojnë se përdorimi universal dhe rritja e përputhshmërisëmasat zbutëse dhe vaksinimi janë vendimtare për tëtë zvogëlojë ndjeshëm numrin e rasteve të reja dhe vdekjeve nëmuajt e ardhshëm.Më tej, testimi strategjik i personave pasimptomat e COVID-19, por që janë në rrezik të shtuar përinfeksioni me SARS-CoV-2, ofron një mundësi tjetër për tëkufizoni përhapjen e vazhdueshme.Kolektivisht, mbikëqyrja gjenomike e përmirësuarshtizë e kombinuar me rritjen e përputhshmërisë me shëndetin publikstrategjitë e zbutjes, duke përfshirë vaksinimin, distancën fizikepërdorimi i maskave, higjiena e duarve dhe izolimi dhe karantina,do të jetë thelbësore për kufizimin e përhapjes së SARS-CoV-2 dhembrojtjen e shëndetit publik.

Mirënjohje

Anëtarët e Sekuencës për Emergjencën e Shëndetit PublikKonsorciumi i Përgjigjes, Epidemiologjisë dhe Mbikëqyrjes;shtetërore dhe lokalelaboratorët e shëndetit publik;Shoqata e Laboratorëve të Shëndetit Publik;Ekipi i përgjigjes së CDC COVID-19;Dega e viruseve të frymëmarrjes,Division of Viral Diseases, CDC.Committee of Medical Journal Editors Formulari për zbulimin e potencialitkonfliktet e interesit.Asnjë konflikt i mundshëm interesi nuk u zbulua.

Referencat

1. Shëndeti Publik Angli.Hetimi i variantit të ri SARS-CoV-2: varianti i shqetësimit 202012/01, informimi teknik 3. Londër, Mbretëria e Bashkuar: Shëndeti Publik Angli;2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_Eng
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP, etj.Shfaqja dhe transmetimi i përsëritur i një fshirjeje të spikut SARS-CoV-2 ΔH69/V70.bioRxiv[Preprint postuar në internet më 14 janar 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volz E, Mishra S, Chand M, etj.Transmetimi i linjës B.1.1.7 të SARS-CoV-2 në Angli: njohuri nga lidhja e të dhënave epidemiologjike dhe gjenetike.medRxiv [Paraprintimi i postuar në internet më 4 janar 2021].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA, et al.;Ekipi i përgjigjes së CDC COVID-19.Përmbledhje e udhëzimeve për strategjitë e shëndetit publik për të adresuar nivelet e larta të transmetimit në komunitet të SARS-CoV-2 dhe vdekjeve të lidhura me të, dhjetor 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1860–7.PMID:33301434 https://doi.org/10.19e258
5. Volz E, Hill V, McCrone JT, et al.;Konsorciumi COG-UK.Vlerësimi i efekteve të mutacionit të spikut SARS-CoV-2 D614G në transmetueshmërinë dhe patogjenitetin.Cell 2021; 184:64-75.e11.PMID: 33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, et al.;Sheffield COVID-19 Genomics Group.Ndjekja e ndryshimeve në pikën SARS-CoV-2: dëshmi se D614G rrit infektivitetin e virusit COVID-19.Qelizë
2020; 182:812–27.PMID: 32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR, Rennick LJ, Namnulli S, etj.Fshirjet natyrore në glikoproteinën e majës SARS-CoV-2 nxisin largimin e antitrupave.bioRxiv [Paraprintimi i postuar në internet më 19 nëntor 2020].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Modelet e braktisjes së gjeneve Washington NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu JT.S në testet SARS-CoV-2 sugjerojnë përhapjen e mutacionit H69del/V70del në SHBA.medRxiv [Paraprintimi i postuar në internet më 30 dhjetor 2020].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F, et al.Shpëtoni nga antitrupat neutralizues nga variantet e proteinave të majave SARS-CoV-2.eLife 2020; 9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, et al.Hartëzimi gjithëpërfshirës i mutacioneve në domenin lidhës të receptorit SARS-CoV-2 që ndikojnë në njohjen nga antitrupat poliklonal të serumit njerëzor.bioRxiv [Paraprintimi i postuar në internet më 4 janar 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


Koha e postimit: Shkurt-11-2021