Kohët e fundit zbulova diçka të mahnitshme!Shumë profesionistë të avancuar të eksperimenteve rreth tij nuk dinë as disa pika shumë themelore të njohurive eksperimentale.

Për shembull, a mund t'u përgjigjeni pyetjeve të mëposhtme?

A ka ndonjë ndryshim midis OD260 dhe A260?Çfarë do të thotë secili?
OD është shkurtesa e densitetit optik (dendësia optike), A është shkurtesa e absorbimit (absorbimit), të dy konceptet janë në fakt të njëjta, "densiteti optik" është "absorbimi", por "densiteti optik" është në përputhje me shumicën e standardeve kombëtare dhe më i standardizuar.

Zakonisht ne matim vlerën e OD në 260 nm për të llogaritur përqendrimin e acidit nukleik, pra çfarë përfaqëson 1OD?
Acidi nukleik ka një kulm përthithjeje maksimale në një gjatësi vale prej 260 nm, e cila përmban ADN dhe ARN, si dhe fragmente të fragmentuara të acidit nukleik (kjo është pika kyçe).
Vlera OD e matur në një gjatësi vale prej 260 nm u regjistrua si OD260.Nëse kampioni është i pastër, vlera OD260 mund të llogarisë përqendrimin e kampionit të acidit nukleik.
1 OD260=50 μg/ml dsDNA (ADN me dy zinxhirë)
=37 μg/ml ssDNA (ADN me një zinxhir)
=40 μg/ml ARN
=30 μg/ml dNTP (oligonukleotide)
A ka ndonjë lidhje dhe ndryshim midis RT-PCR, Realtime-PCR dhe QPCR?
RT-PCR është shkurtim për PCR me transkriptim të kundërt
Real Time PCR=qPCR, shkurtesë për Quantitative Real Time PCR
Megjithëse PCR në kohë reale (PCR sasiore fluoreshente në kohë reale) dhe PCR e transkriptimit të kundërt (PCR e transkriptimit të kundërt) duket se të dyja janë shkurtuar si RT-PCR.Por konventa ndërkombëtare është: RT-PCR i referohet në mënyrë specifike PCR transkriptimit të kundërt.

Cilat janë nt, bp dhe kb të përdorura zakonisht për të përshkruar gjatësinë e ADN/ARN-së në biologji?
nt = nukleotid
bp = çifti i bazës së çiftit
kb = kilobazë

Sigurisht, do të thoshit se shumë njerëzve nuk u interesojnë këto detaje të vogla!Të gjithë e bëjnë këtë, dhe askush nuk do t'ju pyesë se çfarë është.E dini se kjo është e panevojshme, apo jo?

Jo, Jo, Jo, është shumë e nevojshme ta dish këtë!për shkak të cilës?
Sepse doni të postoni një artikull!Vëlla!Pavarësisht nëse synoni të diplomoheni ose të ndiqni arritjet e kërkimit shkencor, duhet të mbështeteni në artikuj për të folur!

Nxjerrja e acidit nukleik duhet të jetë eksperimenti më i thjeshtë dhe më themelor.Cilësia e nxjerrjes së acidit nukleik përcakton drejtpërdrejt rezultatet e eksperimenteve të mëvonshme.

Edhe pse e kam thënë shumë herë, ka ende shumë miq që nuk i interesojnë.Këtë herë vendosa të largohem nga artikulli!

Informacioni minimal për publikimin e eksperimenteve sasiore PCR në kohë reale, të referuara si MIQE, është një grup udhëzuesish për eksperimentet sasiore të fluoreshencës të lançuara ndërkombëtarisht, i cili propozon standarde minimale për informacionin eksperimental të nevojshëm për vlerësimin e eksperimenteve sasiore të PCR me fluoreshencë dhe botimin e artikujve.Nëpërmjet kushteve eksperimentale dhe metodave të analizës të ofruara nga eksperimentuesi, rishikuesit mund të vlerësojnë më mirë vlefshmërinë e skemës eksperimentale të studiuesit.

Mund të shihet se në seksionin e nxjerrjes së acidit nukleik, janë propozuar pikat e mëposhtme të zbulimit:

"E" tregon informacionin që duhet të jepet dhe "D" tregon informacionin që duhet të jepet nëse është e nevojshme.

Forma është shumë e ndërlikuar, në fakt, dua të them që të gjithë duhet të fillojnë nga

pastërtia (D), rendimenti (D), integriteti (E) dhe konsistenca (E) për të vlerësuar acidet nukleike në këto katër aspekte.

Sipas zakoneve eksperimentale, fillimisht flisni për metodat e vlerësimit të pastërtisë dhe përqendrimit.

Matja e OD është metoda më e preferuar dhe më e lehtë e zbulimit për eksperimentuesit.Sa i përket parimit, nuk do të hyj në detaje këtu.Shumë laboratorë tani përdorin ultra-mikro spektrofotometra për të analizuar drejtpërdrejt në mënyrë sasiore mostrat e acidit nukleik.Ndërsa shfaq vlerën e absorbimit, programi jep drejtpërdrejt vlerën e përqendrimit (acidi nukleik, proteina dhe ngjyra fluoreshente) dhe raportet përkatëse.Sa i përket analizës së vlerës OD, ruajeni këtë foto dhe do të jeni mirë.

Lista universale e zgjidhjeve të vlerës së OD

Megjithatë, ka disa paralajmërime që duhen nxjerrë veçmas për ju.

(Në fund të fundit, e di që ju duhet të jeni ata që kurseni dhe prisni derisa t'ju nevojiten!)

Shënim 1 Pajisjet

Vlera e OD do të ndikohet nga pajisje të ndryshme.Për sa kohë që OD260 është brenda një diapazoni të caktuar, vlerat e OD230 dhe OD280 janë domethënëse.Për shembull, diapazoni i absorbimit të Eppendorf D30 të zakonshëm në 260nm është 0~3A dhe NanoDrop One i Thermo është në 260nm.Gama e absorbimit prej 0,5~62,5A.

Shënim 2Reagjent hollues

Vlera e OD mund të ndikohet nga hollimi i reagentëve të ndryshëm.Për shembull, leximi OD260/280 i ARN-së së pastruar në pH7,5 10 mM Tristampon është midis 1.9-2.1, ndërsa nëtretësirë ​​ujore neutraleraporti do të jetë më i ulët, ndoshta vetëm 1.8-2.0, por kjo nuk do të thotë se cilësia e ARN-së ndryshon Diferenca.

Shënim 3Substancat e mbetura

Ekzistenca e substancave të mbetura do të ndikojë në saktësinë e matjes së përqendrimit të acidit nukleik, ndaj është e nevojshme të shmangen sa më shumë që të jetë e mundur mbetjet e proteinave, fenolit, polisaharideve dhe polifenolit në mostrat e acidit nukleik.

Megjithatë, në fakt, ekstraktimi me reagjentë organikë është një metodë e vjetër.Në kompletet komerciale, efekti i ekstraktimit mund të arrihet përmes një kolone adsorbimi me bazë silici të kombinuar me centrifugimin, duke shmangur reagentët organikë toksikë dhe të dëmshëm që janë të vështirë për t'u hequr, etj. Problemi, si p.sh.Kompleti i nxjerrjes së acidit nukleik të Foregene, nuk përdor DNase/RNase dhe reagentë organikë toksikë gjatë gjithë operacionit, i shpejtë dhe i sigurt, dheefekti ështëmirë(rastësisht tha se ishte tullac, por e di që ju doni të dini).

Shembulli 1: Rendimenti dhe pastërtia e nxjerrjes gjenomike të ADN-së

Kompleti i izolimit të ADN-së së Tokës Foregene (DE-05511) trajton mostrat e dheut nga burime të ndryshme, dhe sasia dhe pastërtia e ADN-së gjenomike e marrë tregohen në tabelën e mëposhtme:
Shembulli 2: Rendimenti dhe pastërtia e nxjerrjes së ARN-së së indit

Kompleti i izolimit total të ARN-së së Kafshëve (RE-03012) përpunoi mostra të ndryshme të indeve, dhe sasia dhe pastërtia e ARN-së e marrë tregohen në tabelën më poshtë (për indet e miut):
Megjithatë, mos mendoni se keni mbaruar me vlerën OD.A keni ndonjë kujdes për pikat kyçe që kam vizatuar për ju në pjesën e përparme?

Njoftim

Molekulat e fragmentuara të acidit nukleik do të llogariten gjithashtu në absorbim.Duke supozuar se keni mbetje gjenomike të ADN-së në ARN, vlera juaj e OD do të duket të jetë shumë e lartë, por përqendrimi aktual i ARN-së nuk mund të përcaktohet.Nëse ARN-ja juaj është Nuk është e qartë nëse ka degradim, kështu që ne kemi ende nevojë për një metodë gjithëpërfshirëse vlerësimi për të dhënë një gjykim më të saktë, domethënë vlerësimin e integritetit të acidit nukleik të përmendur në MIQE.